全细胞百日破联合疫苗的接种反应，主要由百日咳所含的菌体成分引起。儿童在接种百日破疫苗6-10小时，在注射的针眼周围可有轻微的红肿、疼痛、发痒和硬块等局部反应。全身反应主要是体温升高，注射后数小时体温开始上升，10-16小时达高峰，24小时左右逐渐下降，一般48小时可恢复正常。部分儿童还会出现疲倦、头痛、嗑睡或稍有烦躁不安等短暂症状，个别人还有轻度的恶心、呕吐、腹泻等胃肠道症状，这些症状都属于一般反应，一般不需要特殊处理，多于1-2日消退。个别人出现侧液下淋巴结肿大，大多在10余天后消失，少数人消失较慢。

也有个别人反应较重，如体温在38.5℃以上，局部红肿范围超过5cm等。如果接种的是含有吸附剂的疫苗，注射局部可形成硬结，约1-2个月消退。有时皮下接种过浅或疫苗未摇匀，硬结不能吸收而形成注射部位无菌性脓肿，一般无妨，必要时可作局部热敷及对症治疗，并预防继发感染。

接种全细胞百日破联合疫苗后，极个别的儿童可能会发生一些异常反应，数分钟内发生突然晕倒或休克现象；部分儿童在接种后2-3天，会出现血管性水肿；还有人在接种后数小时或数日内出现全身性或局部的过敏性皮疹；在2-8个月的婴儿中还会出现低张力低应答反应，一般在接种后10小时内出现，多数在4小时内出现，其主要症状表现为面色苍白、昏睡、烦躁、厌食，大多可自行恢复。若接种反应较重，应及时到医院进行诊治。