偶合症的诊断要注意病人的发病时间和临床表现与疫苗接种后的固有反应符合，并经过临床诊断、化验检查和病理活检能明显地查出由原发疾病而引起的有关症状或后遗症，或根据潜伏期及疾病的发展规律，能推论出在疫苗接种前就存在，或当地及其周围正在发生或流行某些传染病，必要时可采集标本检验。一部分偶合症容易鉴别，但有一些偶合症的鉴别相当困难，尤其是偶合症病因不明或者由多因素所致，鉴别更加困难。

在鉴别时应注意以下几点：

接种灭活疫苗，或者属成分疫苗，不可能引起相应疾病。

接种减毒活疫苗就不能草率下结论，单凭临床方面资料难以定论，应全面考虑，并结合病原学，血清学及方面的检查才能定论。

偶合症原因不明或属多因素所致时，应由县级以上卫生行政部门组织的有有关专家组成的预防接种异常反应诊断小组，进行鉴别诊断，其它个人和医院不得做出结论。