发热是接种疫苗后最常见的反应，主要原因是由于致热原而引起。致热原是一种高分子的磷脂、多糖和蛋白质复合物，以脂多糖为主，其中的类脂A具有毒性。致热原主要存在革兰阴性杆菌的细胞壁中，当菌体自溶或以人工方法使细菌裂解后方能释放出来，故称为内毒素。它可直接作用于体温调节中枢，使体温调节功能紊乱而引起发热；也可作用于机体的网状内皮细胞、皮核细胞，特别是中性料细胞，使之释放内源性致热原，再改变体温中枢的功能状态，使产热和散热失去相对的平衡，即产热增加，散热减少，而引起发热。除致热原外，疫苗作为一种异性蛋白及其接种后的炎症反应，也会引起发热。活疫苗接种相当于一次轻度的人工自然感染，少数人也会有发热反应。

发热的本质是机体的一种适应性防御反应。一定限度的发热，由于代谢增强，白细胞增加，网状内皮系统的功能包括吞噬作用、抗体形成和肝脏的解毒功能都相应增强，从而有助于消除病原，对人体有利。但发热持续过久或过高，则引起各个系统的功能障碍，如因消化吸收不良，体内营养物质过度消耗，机体抵抗力也降低以至衰竭，体温过高可发生惊厥和昏迷，甚至危及生命，对这些不利方面要引起重视。