异性蛋白的刺激引起，如菌体蛋白、血清蛋白等异性蛋白，接种后可引起机体发热。

接种减毒活疫苗，实际上是一次轻度的人工感染，可以发生与该微生物固有的生物学特性有关的临床症状。由于疫苗毒株在体内增殖要经过一定的潜伏期才出现体温上升，因而发热一般出现较迟，如麻疹疫苗接种后6-12日才出现发热，有时还可出现上呼吸道卡他症状和皮疹，但程度较轻。

热原质引起的发热反应。许多革兰阴性细菌如伤寒杆菌、流行性脑膜炎双球菌等制备的疫苗，因含残存的内毒素成分，注入人体可引起发热反应。

疫苗本身某种程度的毒性引起的毒性反应。用以制备疫苗的疑团细菌和病毒，或多或少保留其固有的生物学特性。如内毒素引起通常所见的头晕、怕冷、乏力和周身不适等，还有是某些疫苗所具有的特异毒性反应，如流感的发热、畏寒和上呼吸道卡他症状等。

疫苗中的某些化学药品刺激中枢神经系统，反射性地引起胃肠道症状；发热也可能会引起胃肠道功能紊乱。